-koto Funktion?

Wieso nicht? Koto ist eine abstrakte "Sache".

Deinen Satz solltest du dann auch nicht lokalisieren, sondern übersetzen, um die Bedeutung zu sehen.

"Was Yuriko angeht, (sie) machte schonmal die Sache, nach Kyoto gegangen zu sein, dachte ich"

Die Lokalisation ist im übrigen auch falsch. "koto ga aru" bezeichnet nämlich immer "Schonmal im Leben gemacht" Also wäre es lokalisiert "Ich dachte, Yurika war schonmal in Kyoto." und nicht nur "Ich dachte sie war in Kyoto"

Meine Frage: Wieso Koto?

warum denn wohl, weil die sprache halt so funktioniert.

koto ga arimasu/aru heißt aber eher "schon mal <etwas gemacht>"

also

kyoto ni itta koto ga aru = war schon mal in kyoto

weil sonst würde man einfach sagen: Kyoto ni itta/ikimashita.

koto oder no nach einem verb in der futsuu-kei (normal-form) nominalisiert das verb.

lies dir bitte das durch: https://www.wasabi-jpn.com/japanese-grammar/nominalizers-koto-and-no/